Проще говоря, никак.
Самозанятых Единый налоговый счет (ЕНС) не касается и они будут продолжать оплачивать налог через приложение, как и раньше.
Разве что из-за нововведений в налоговой системе некоторое время могут наблюдаться задержки при поступлении платежей, о чём уведомляет само приложение:
