Во-первых, по типу крепления — у разных процессоров они разные; во-вторых, по-мощности. Слабый кулер на мощном компьютере не будет охлаждать процессор, а слишком мощный кулер на слабом ПК станет пустой тратой денег и электроэнергии.
Ещё можно обратить внимание на уровень шума.